Агенција врши истраживања о систему високог образовања, а резултати њихове анализе представљају основу за предлагање мјера за унапрјеђење квалитета високог образовања. Основе за истраживања су:
- Поступци акредитације и реакредитације који, филтрирањем података, представљају основу за анализе о унутрашњем и спољашњем обезбјеђењу квалитета, као и квалитету рада Агенције, али и свих аналитички интересантних тема које један поступак може да произведе;
- Истраживачки пројекти који су резултат потребе система обезбјеђења квалитета за одговарајућим мјерама, а који ће у својој основи имати квантитативне и квалитативне анализе система високог образовања, као и његове узрочно–посљедичне везе са осталим националним и међународним односним системима;
- Ad hoc анализе података о систему обезбјеђења квалитета и високом образовању.