Министарство просвјете, науке, културе и спорта врши надзор над радом Агенције.
Управни одбор и директора Агенције именује Влада на четири године на предлог Министарства просвјете, а њихове надлежности су дефинисане Статутом Агенције и Законом о високом образовању.
Управни одбор има надлежности у дијелу организационих и финансијских послова Агенције:
- доноси статут, акт о унутрашњој организацији и систематизацији радних мјеста и друга акта у складу са статутом;
- доноси одлуку о расписивању конкурса за избор директора Агенције;
- подноси иницијативу Влади за разрјешење предсједника или члана Управног одбора;
- усваја годишњи програм рада Агенције;
- усваја годишњи финансијски план;
- усваја годишњи финансијски извјештај, најкасније до 31. марта текуће године;
- усваја годишњи извјештај о раду Агенције, најкасније до 31. марта текуће године;
- предлаже висину накнаде за пружене услуге;
- предлаже унутрашњу ревизију финансијског пословања;
- доноси пословник о свом раду;
- обавља и друге послове утврђене законом и овим статутом и другим актима Агенције.
Директор је, као законски представник и заступник Агенције, одговоран за спровођење поступака евалуације. Поред тога, надлежан је да:
- руководи радом и пословањем Агенције и одговара за законитост рада Агенције;
- припрема извјештаје о раду Агенције и годишњи финансијски извјештај;
- извршава одлуке Управног одбора;
- предлаже акт о унутрашњој организацији и систематизацији Агенције;
- предлаже годишњи програм рада, годишњи финансијски план, и одговоран је за њихово остваривање;
- доставља извјештаје о раду Агенције и друге извјештаје Управном одбору Агенције;
- извршава одлуке Управног одбора;
- предлаже статут, акт о унутрашњој организацији и систематизацији радних мјеста Агенције и доноси друга акта из дјелокруга послова Агенције;
- доноси одлуке о заснивању и престанку радног односа запослених у Агенцији у складу са законом;
- расписује јавни позив на основу којег утврђује листу експерата за акредитацију студијских програма односно реакредитацију установа;
- образује комисије за потребе спровођења поступака предвиђених Законом из дјелокруга рада Агенције;
- одређује секретара из реда запослених за обављање административних и стручних послова за потребе ескпертских комисија;
- ангажује сараднике за стручне послове у вези са дјелатношћу Агенције;
- закључује уговоре и споразуме о сарадњи;
- обезбјеђује заштиту и здравље на раду у складу са законом;
- обезбјеђује вођење и чување евиденције и документације у Агенцији;
- врши и друге послове утврђене законом и статутом Агенције.
Сектор за контролу квалитета спроводи поступке акредитације студијских програма и програма цјеложивотног учења, реакредитације установа високог образовања као и периодичних и накнадних (follow-up) контрола, сарађујући са установама у свим фазама акредитационог, односно реакредитационог периода и предлаже мјере за унапрјеђење квалитета.
- Помоћница директора у сектору за контролу квалитета: Тамара Ђуричковић
- Самостална савјетница I за акредитацију и реакредитацију: Ана Рутовић
- Самостална савјетница III за контролу квалитета: Алдина Пуришић
- Самостални савјетник III за евалуацију установа високог образовања: Кемал Демировић
Сектор за обезбјеђење квалитета и истраживање сарађује са међународним организацијама и асоцијацијама у области обезбјеђења квалитета, координира пројекте, управља базама података о систему високог образовања и обезбјеђења квалитета, реализује истраживања за политике обезбјеђења квалитета и предлаже мјере за унапрјеђење квалитета.
- Помоћница директора у сектору за обезбјеђење квалитета и истраживање: Милица Кавеџић
- Самостална савјетница I за истраживање: Дајана Павићевић
- Самостална савјетница II за међународну сарадњу: Дуња Булајић
- Самостална савјетница II за обезбјеђење квалитета: Јелена Ђукановић
Служба за кадровске, опште послове и финансије брине о остваривању права из радних односа, врши финансијске послове, јавне набавке, припрема финансијске и извјештаје о раду и води рачуна о књиговодственом и канцеларијском пословању.
- Начелница: Гордана Новаковић Вуксановић
- Самостална савјетница I за јавне набавке: Невена Боричић
- Самостална савјетница II за ИТ послове: Светлана Фуртула
- Архиварка, самостални референт: Лидија Ћаћић
- Техничка секретарица, самостални референт: Тијана Дробњак
- Самостални референт: Никола Секулић