Ministarstvo prosvjete, nauke, kulture i sporta vrši nadzor nad radom Agencije.
Upravni odbor i direktora Agencije imenuje Vlada na četiri godine na predlog Ministarstva prosvjete, a njihove nadležnosti su definisane Statutom Agencije i Zakonom o visokom obrazovanju.
Upravni odbor ima nadležnosti u dijelu organizacionih i finansijskih poslova Agencije:
- donosi statut, akt o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta i druga akta u skladu sa statutom;
- donosi odluku o raspisivanju konkursa za izbor direktora Agencije;
- podnosi inicijativu Vladi za razrješenje predsjednika ili člana Upravnog odbora;
- usvaja godišnji program rada Agencije;
- usvaja godišnji finansijski plan;
- usvaja godišnji finansijski izvještaj, najkasnije do 31. marta tekuće godine;
- usvaja godišnji izvještaj o radu Agencije, najkasnije do 31. marta tekuće godine;
- predlaže visinu naknade za pružene usluge;
- predlaže unutrašnju reviziju finansijskog poslovanja;
- donosi poslovnik o svom radu;
- obavlja i druge poslove utvrđene zakonom i ovim statutom i drugim aktima Agencije.
Direktor je, kao zakonski predstavnik i zastupnik Agencije, odgovoran za sprovođenje postupaka evaluacije. Pored toga, nadležan je da:
- rukovodi radom i poslovanjem Agencije i odgovara za zakonitost rada Agencije;
- priprema izvještaje o radu Agencije i godišnji finansijski izvještaj;
- izvršava odluke Upravnog odbora;
- predlaže akt o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji Agencije;
- predlaže godišnji program rada, godišnji finansijski plan, i odgovoran je za njihovo ostvarivanje;
- dostavlja izvještaje o radu Agencije i druge izvještaje Upravnom odboru Agencije;
- izvršava odluke Upravnog odbora;
- predlaže statut, akt o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta Agencije i donosi druga akta iz djelokruga poslova Agencije;
- donosi odluke o zasnivanju i prestanku radnog odnosa zaposlenih u Agenciji u skladu sa zakonom;
- raspisuje javni poziv na osnovu kojeg utvrđuje listu eksperata za akreditaciju studijskih programa odnosno reakreditaciju ustanova;
- obrazuje komisije za potrebe sprovođenja postupaka predviđenih Zakonom iz djelokruga rada Agencije;
- određuje sekretara iz reda zaposlenih za obavljanje administrativnih i stručnih poslova za potrebe eskpertskih komisija;
- angažuje saradnike za stručne poslove u vezi sa djelatnošću Agencije;
- zaključuje ugovore i sporazume o saradnji;
- obezbjeđuje zaštitu i zdravlje na radu u skladu sa zakonom;
- obezbjeđuje vođenje i čuvanje evidencije i dokumentacije u Agenciji;
- vrši i druge poslove utvrđene zakonom i statutom Agencije.
Sektor za kontrolu kvaliteta sprovodi postupke akreditacije studijskih programa i programa cjeloživotnog učenja, reakreditacije ustanova visokog obrazovanja kao i periodičnih i naknadnih (follow-up) kontrola, sarađujući sa ustanovama u svim fazama akreditacionog, odnosno reakreditacionog perioda i predlaže mjere za unaprjeđenje kvaliteta.
- Pomoćnica direktora u sektoru za kontrolu kvaliteta: Tamara Đuričković
- Samostalna savjetnica I za akreditaciju i reakreditaciju: Ana Rutović
- Samostalna savjetnica III za kontrolu kvaliteta: Aldina Purišić
- Samostalni savjetnik III za evaluaciju ustanova visokog obrazovanja: Kemal Demirović
Sektor za obezbjeđenje kvaliteta i istraživanje sarađuje sa međunarodnim organizacijama i asocijacijama u oblasti obezbjeđenja kvaliteta, koordinira projekte, upravlja bazama podataka o sistemu visokog obrazovanja i obezbjeđenja kvaliteta, realizuje istraživanja za politike obezbjeđenja kvaliteta i predlaže mjere za unaprjeđenje kvaliteta.
- Pomoćnica direktora u sektoru za obezbjeđenje kvaliteta i istraživanje: Milica Kavedžić
- Samostalna savjetnica I za istraživanje: Dajana Pavićević
- Samostalna savjetnica II za međunarodnu saradnju: Dunja Bulajić
- Samostalna savjetnica II za obezbjeđenje kvaliteta: Jelena Đukanović
Služba za kadrovske, opšte poslove i finansije brine o ostvarivanju prava iz radnih odnosa, vrši finansijske poslove, javne nabavke, priprema finansijske i izvještaje o radu i vodi računa o knjigovodstvenom i kancelarijskom poslovanju.
- Načelnica: Gordana Novaković Vuksanović
- Samostalna savjetnica I za finansije: Nevena Boričić
- Samostalna savjetnica II za IT poslove: Svetlana Furtula
- Arhivarka, samostalni referent: Lidija Ćaćić
- Tehnička sekretarica, samostalni referent: Tijana Drobnjak
- Samostalni referent: Nikola Sekulić