Министарство надлежно за послове просвјете врши надзор над радом Агенције.
Агенција је у свом раду независна. Послове из оквира своје надлежности Агенција обавља на непристрасан и транспарентан начин.
Органи Агенције су Савјет Агенције и директор.
Савјет Агенције именује Влада на четири године на предлог Министарства, док директора бира и разрјешава Савјет Агенције, а њихове надлежности дефинисане су Статутом Агенције и Законом о високом образовању.
Управни одбор има надлежности у дијелу организационих и финансијских послова Агенције:
- доноси статут, акт о унутрашњој организацији и систематизацији радних мјеста и друга акта у складу са статутом;
- доноси одлуку о расписивању конкурса за избор директора Агенције;
- подноси иницијативу Влади за разрјешење предсједника или члана Управног одбора;
- усваја годишњи програм рада Агенције;
- усваја годишњи финансијски план;
- усваја годишњи финансијски извјештај, најкасније до 31. марта текуће године;
- усваја годишњи извјештај о раду Агенције, најкасније до 31. марта текуће године;
- предлаже висину накнаде за пружене услуге;
- предлаже унутрашњу ревизију финансијског пословања;
- доноси пословник о свом раду;
- обавља и друге послове утврђене законом и овим статутом и другим актима Агенције.
Директор је, као законски представник и заступник Агенције, одговоран за спровођење поступака евалуације. Поред тога, надлежан је да:
- руководи радом и пословањем Агенције и одговара за законитост рада Агенције;
- припрема извјештаје о раду Агенције и годишњи финансијски извјештај;
- извршава одлуке Управног одбора;
- предлаже акт о унутрашњој организацији и систематизацији Агенције;
- предлаже годишњи програм рада, годишњи финансијски план, и одговоран је за њихово остваривање;
- доставља извјештаје о раду Агенције и друге извјештаје Управном одбору Агенције;
- извршава одлуке Управног одбора;
- предлаже статут, акт о унутрашњој организацији и систематизацији радних мјеста Агенције и доноси друга акта из дјелокруга послова Агенције;
- доноси одлуке о заснивању и престанку радног односа запослених у Агенцији у складу са законом;
- расписује јавни позив на основу којег утврђује листу експерата за акредитацију студијских програма односно реакредитацију установа;
- образује комисије за потребе спровођења поступака предвиђених Законом из дјелокруга рада Агенције;
- одређује секретара из реда запослених за обављање административних и стручних послова за потребе ескпертских комисија;
- ангажује сараднике за стручне послове у вези са дјелатношћу Агенције;
- закључује уговоре и споразуме о сарадњи;
- обезбјеђује заштиту и здравље на раду у складу са законом;
- обезбјеђује вођење и чување евиденције и документације у Агенцији;
- врши и друге послове утврђене законом и статутом Агенције.
Сектор за екстерне евалуације спроводи поступке акредитације студијских програма, посебних програма у високом образовању и микрокреденцијала, реакредитације установа високог образовања, као и накнадног праћења и периодичне оцјене квалитета рада лиценцираних установа високог образовања, пратећи усклађеност са ESG и међународним стандардима квалитета. Сарађује са установама и другим релевантним актерима на развоју система обезбјеђивања квалитета, анализира резултате екстерних евалуација и предлаже мјере за унапређење квалитета високог образовања.
Послови у оквиру Сектора за екстерне евалуације организовани су у оквиру два Одсјека и то: Одсјек за спровођење екстерних евалуација и Одсјек за развој и подршку стручним тијелима Агенције.
Одсјек за спровођење екстерних евалуација броји укупно три државна службеника који послове обављају у сљедећим звањима:
- Начелница Одсјека: мр Ана Рутовић
- Самостална савјетница I – координаторка за спровођење екстерних евалуација: Дајана Павићевић
- Самостална савјетница II – координаторка за спровођење екстерних евалуација: мр Алдина Пуришић
Сектор за међународну сарадњу и истраживање сарађује са међународним организацијама и асоцијацијама у области обезбјеђивања квалитета, координира међународне пројекте, управља регистром акредитованих студијских програма и реакредитованих установа високог образовања, спроводи истраживања у области високог образовања с циљем предлагања мјера за унапређење квалитета.
- Помоћница директора за међународну сарадњу и истраживање: Милица Кавеџић
- Самостална савјетница I за истраживање: Јелена Ђукановић
Одсјек за међународну сарадњу
- Самостална савјетница II за међународну сарадњу: Дуња Булајић
Служба за опште послове врши опште и правне послове, брине о остваривању права из радних односа, припрема извјештаје о раду и води рачуна о канцеларијском пословању.
- Самостална савјетница II за информационе технологије: Светлана Фуртула
- Самостална референткиња, архиварка: Лидија Ћаћић
- Самостална референткиња, техничка секретарка: Тијана Дробњак
- Самостални референт: Никола Секулић
Служба за финансије и рачуноводство врши финансијске послове, послове јавних набавки, припрема финансијске извјештаје и води рачуна о књиговодственом пословању.
- Начелница Службе за финансије и рачуноводство: Даница Кораћ
- Самостални савјетник II за рачуноводство: Милан Шуковић