Ministarstvo nadležno za poslove prosvjete vrši nadzor nad radom Agencije.
Agencija je u svom radu nezavisna. Poslove iz okvira svoje nadležnosti Agencija obavlja na nepristrasan i transparentan način.
Organi Agencije su Savjet Agencije i direktor.
Savjet Agencije imenuje Vlada na četiri godine na predlog Ministarstva, dok direktora bira i razrješava Savjet Agencije, a njihove nadležnosti definisane su Statutom Agencije i Zakonom o visokom obrazovanju.
Upravni odbor ima nadležnosti u dijelu organizacionih i finansijskih poslova Agencije:
- donosi statut, akt o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta i druga akta u skladu sa statutom;
- donosi odluku o raspisivanju konkursa za izbor direktora Agencije;
- podnosi inicijativu Vladi za razrješenje predsjednika ili člana Upravnog odbora;
- usvaja godišnji program rada Agencije;
- usvaja godišnji finansijski plan;
- usvaja godišnji finansijski izvještaj, najkasnije do 31. marta tekuće godine;
- usvaja godišnji izvještaj o radu Agencije, najkasnije do 31. marta tekuće godine;
- predlaže visinu naknade za pružene usluge;
- predlaže unutrašnju reviziju finansijskog poslovanja;
- donosi poslovnik o svom radu;
- obavlja i druge poslove utvrđene zakonom, ovim statutom i drugim aktima Agencije.
Direktor je, kao zakonski predstavnik i zastupnik Agencije, odgovoran za sprovođenje postupaka evaluacije. Pored toga, nadležan je da:
- rukovodi radom i poslovanjem Agencije i odgovara za zakonitost rada Agencije;
- priprema izvještaje o radu Agencije i godišnji finansijski izvještaj;
- izvršava odluke Upravnog odbora;
- predlaže akt o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji Agencije;
- predlaže godišnji program rada, godišnji finansijski plan, i odgovoran je za njihovo ostvarivanje;
- dostavlja izvještaje o radu Agencije i druge izvještaje Upravnom odboru Agencije;
- izvršava odluke Upravnog odbora;
- predlaže statut, akt o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta Agencije i donosi druga akta iz djelokruga poslova Agencije;
- donosi odluke o zasnivanju i prestanku radnog odnosa zaposlenih u Agenciji u skladu sa zakonom;
- raspisuje javni poziv na osnovu kojeg utvrđuje listu eksperata za akreditaciju studijskih programa odnosno reakreditaciju ustanova;
- obrazuje komisije za potrebe sprovođenja postupaka predviđenih Zakonom iz djelokruga rada Agencije;
- određuje sekretara iz reda zaposlenih za obavljanje administrativnih i stručnih poslova za potrebe eskpertskih komisija;
- angažuje saradnike za stručne poslove u vezi sa djelatnošću Agencije;
- zaključuje ugovore i sporazume o saradnji;
- obezbjeđuje zaštitu i zdravlje na radu u skladu sa zakonom;
- obezbjeđuje vođenje i čuvanje evidencije i dokumentacije u Agenciji;
- vrši i druge poslove utvrđene zakonom i statutom Agencije.
Sektor za eksterne evaluacije sprovodi postupke akreditacije studijskih programa, posebnih programa u visokom obrazovanju i mikrokredencijala, reakreditacije ustanova visokog obrazovanja, kao i naknadnog praćenja i periodične ocjene kvaliteta rada licenciranih ustanova visokog obrazovanja, prateći usklađenost sa ESG i međunarodnim standardima kvaliteta. Sarađuje sa ustanovama i drugim relevantnim akterima na razvoju sistema obezbjeđivanja kvaliteta, analizira rezultate eksternih evaluacija i predlaže mjere za unapređenje kvaliteta visokog obrazovanja.
Poslovi u okviru Sektora za eksterne evaluacije organizovani su u okviru dva Odsjeka i to: Odsjek za sprovođenje eksternih evaluacija i Odsjek za razvoj i podršku stručnim tijelima Agencije.
Odsjek za sprovođenje eksternih evaluacija broji ukupno tri državna službenika koji poslove obavljaju u sljedećim zvanjima:
- Načelnica Odsjeka: mr Ana Rutović
- Samostalna savjetnica I – koordinatorka za sprovođenje eksternih evaluacija: Dajana Pavićević
- Samostalna savjetnica II – koordinatorka za sprovođenje eksternih evaluacija: mr Aldina Purišić
Sektor za međunarodnu saradnju i istraživanje sarađuje sa međunarodnim organizacijama i asocijacijama u oblasti obezbjeđivanja kvaliteta, koordinira međunarodne projekte, upravlja registrom akreditovanih studijskih programa i reakreditovanih ustanova visokog obrazovanja, sprovodi istraživanja u oblasti visokog obrazovanja s ciljem predlaganja mjera za unapređenje kvaliteta.
- Pomoćnica direktora za međunarodnu saradnju i istraživanje: Milica Kavedžić
- Samostalna savjetnica I za istraživanje: Jelena Đukanović
Odsjek za međunarodnu saradnju
- Samostalna savjetnica II za međunarodnu saradnju: Dunja Bulajić
Služba za opšte poslove vrši opšte i pravne poslove, brine o ostvarivanju prava iz radnih odnosa, priprema izvještaje o radu i vodi računa o kancelarijskom poslovanju.
- Samostalna savjetnica II za informacione tehnologije: Svetlana Furtula
- Samostalna referentkinja, arhivarka: Lidija Ćaćić
- Samostalna referentkinja, tehnička sekretarka: Tijana Drobnjak
- Samostalni referent: Nikola Sekulić
Služba za finansije i računovodstvo vrši finansijske poslove, poslove javnih nabavki, priprema finansijske izvještaje i vodi računa o knjigovodstvenom poslovanju.
- Načelnica Službe za finansije i računovodstvo: Danica Korać
- Samostalni savjetnik II za računovodstvo: Milan Šuković