Upravni odbor ima predsjednika i dva člana od kojih su dva predstavnika osnivača i jedan predstavnik organa državne uprave nadležnog za poslove prosvjete.
Rješenjem Vlade Crne Gore broj: 04-6371/3 od 09. decembra 2021. godine za predsjednicu Upravnog odbora imenovana je prof. dr Nada Jauković, redovna profesorica na Metalurško – tehnološkom fakultetu Univerziteta Crne Gore, dok je za članicu Upravnog odbora imenovana dr Katarina Todorović saradnica u nastavi na Filozofskom fakultetu Univerziteta Crne Gore. Rješenjem Vlade Crne Gore broj: 08-100/24-382/3 od 2. februara 2024. godine imenovan je Mijajlo Đurić, predstavnik Ministarstva prosvjete nauke i inovacija.
Detaljnije o nadležnostima i djelokrugu rada Upravnog odbora pogledati: Statut Agencije i Poslovnik o radu UO.
Upravni odbor Agencije nastavlja sa radom do imenovanja Savjeta Agencije sa nadležnostima utvrđenim Zakonom o visokom obrazovanju (oktobar 2025. godine).