Управни одбор има предсједника и два члана од којих су два представника оснивача и један представник органа државне управе надлежног за послове просвјете.
Рјешењем Владе Црне Горе број: 04-6371/3 од 09. децембра 2021. године за предсједницу Управног одбора имeнована је проф. др Нада Јауковић, редовна професорица на Металуршко – технолошком факултету Универзитета Црне Горе, док је за чланицу Управног одбора именована др Катарина Тодоровић сарадница у настави на Филозофском факултету Универзитета Црне Горе. Рјешењем Владе Црне Горе број: 08-100/24-382/3 од 2. фебруара 2024. године именован је Мијајло Ђурић, представник Министарства просвјете науке и иновација.
Детаљније о надлежностима и дјелокругу рада Управног одбора погледати: Статут Агенције и Пословник о раду УО.
Управни одбор Агенције наставља са радом до именовања Савјета Агенције са надлежностима утврђеним Законом о високом образовању (октобар 2025. године).