Upravni odbor ima predsjednika i dva člana od kojih su dva predstavnika osnivača i jedan predstavnik organa državne uprave nadležnog za poslove prosvjete. Dosadašnjim članovima organa upravljanja Saši Vujošević i Merimi Baković je zbog isteka prestao mandat, dok je Mijajlo Đurić načelnik odjeljenja za normativno-pravne poslove u Ministarstvu prosvjete, imenovan rješenjem Vlade Crne Gore br: 07-6152/3 od 07. novembra 2019. godine, nastavio da obavlja funkciju člana Upravnog odbora.
Rješenjem Vlade Crne Gore broj: 04-6371/3 od 09. decembra 2021. godine za predsjednicu Upravnog odbora imanovana je prof.dr Nada Jauković, redovna profesorica na Metalurško-tehnološkom fakultetu, Univerziteta Crne Gore, dok je za članicu Upravnog odbora imenovana dr Katarina Todorović saradnica u nastavi na Filozofskom fakultetu Univerziteta Crne Gore.
Detaljnije o nadležnostima i djelokugu rada Upravnog odbora pogledati: Statut Agencije i Poslovnik o radu UO.